ショーン

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ゲームの冒頭で本物のショーンが拉致されてから実際には60年が経過しており、インスティチュートで出会うこの幼いショーンはインスティチュートの科学者が作り出した人造人間S9-23である。なお、このショーンの製造されたのは、本物のショーンすなわちインスティチュートの指導者ファーザーの指示によるものである。

指導者ファーザーの指示に忠実な科学者の間でも、この人造人間のショーンの製造に対しては強い反発を示す者もおり、マジソン・リーは倫理的な観点から否定的な態度を示している。また、ジャネット・トンプソンは、子供の人造人間が成長して大人 (大人の体) になることがないことに憐みを感じている様子である。

当初、この人造人間のショーンは主人公のことを赤の他人と認識するようにプログラムされているが、物語の最後でファーザーによって再プログラムされ、クエスト「The Nuclear Option」または「Nuclear Family」を完了後は、主人公のことを実の親と認識するようになる。その際、インスティチュート以外の組織でゲームをクリアした場合は任意の居住地に迎えることができ、インスティチュートでクリアした場合は施設内で生活させることができる。

以降、親子として共に暮らすことが可能となり、Junkアイテムの調達を頼まれるようなイベントも発生する。ちなみに、調達依頼されたJunkアイテムを３回届けると、ユニーク武器「ウェーザーワイフル」を開発してくれる。